Muzeum Niepodległości w Warszawie jest użytkownikiem wieczystym gruntów oraz właścicielem budynków, budowli i urządzeń położonych na tych gruntach, dotyczących następujących terenów:

1) działka ew. nr 11 w obrębie 5-02-10 o powierzchni 3494 m2, położona w Warszawie, przy Al. Solidarności 62 wraz z budynkiem Pałacu Przebendowskich/ Radziwiłłów, dla której prowadzona jest księga wieczysta nr KW 608 – decyzja Pałac
2) działki ew. nr: 2 w obrębie 7-01-17, nr 15/1, nr 23 i nr 24 w obrębie 7-01-18, o łącznej powierzchni 29 184 m2, położone w Warszawie, przy ul. Skazańców 25, grunty nie uregulowane w księdze wieczystej po 1945 r. – decyzja Cytadela
3) działka ew. nr 11 o powierzchni 7366 m2 w obrębie 5-01-07, położona w Warszawie, przy ul. Dzielnej 24/26, nie uregulowana w księdze wieczystej po 1945 r. – decyzja-Pawiak

Wszystkie budynki stanowiące na mocy w/w decyzji własność Muzeum Nieodległości są obiektami zabytkowymi, wpisanymi do rejestru zabytków nieruchomych przez Miejskiego Konserwatora Zabytków w Warszawie w 1965 r. (wpis do zabytków Pałac i wpis do zabytków Cytadela) oraz Wojewódzki Oddział Służby Ochrony Zabytków Województwa Mazowieckiego w 2001 r. (wpis do zabytków Pawiak). Mauzoleum Walki i Męczeństwa mieszczące się w przedwojennym budynku Ministerstwa Wyznań i Oświecenia Publicznego również jest objęte ochroną konserwatorską (wpis do zabytków Szucha).
Muzeum, jako samorządowa instytucja kultury, otrzymuje od Organizatora, tj. Zarządu Województwa Mazowieckiego, dotację na działalność statutową. Wysokość dotacji określana jest corocznie przez Organizatora.