W Muzeum Niepodległości funkcjonuje archiwum zakładowe, działające na podstawie przepisów ustawy z dnia 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach (Dz. U. z 2020 r. poz. 164) oraz instrukcji w sprawie organizacji i zakresu działania archiwum zakładowego w Muzeum Niepodległości w Warszawie (załącznik nr 3 do Zarządzenia nr 3/2018 Dyrektora Muzeum Niepodległości w Warszawie z dnia 6 marca 2018 r.), dalej: instrukcja archiwalna. Dokumentacja z zasobu archiwum może być udostępniona za zgodą Dyrektora Muzeum, na wniosek osoby zainteresowanej. Szczegółowe przepisy dotyczące zasad i trybu udostępniania dokumentacji zawiera rozdział 8 instrukcji archiwalnej.
Muzeum Niepodległości prowadzi następujące rejestry:
– rejestr umów
– rejestr zamówień publicznych
– ewidencja dokumentów finansowych zgodnie z instrukcją obiegu dokumentów
– rejestr dokumentów wpływających do Muzeum i wychodzących z Muzeum